沙地
主要分佈在海邊與沒口河，面積約占整個保護區的15%。因為海岸侵蝕日益嚴重，靠海的沙地面積急遽遞減，但另一方面，因颱風與季風的影響，沒口河附近的沙地則逐漸形成 。
林地
包含有闊葉林、雜木林及防風林，是保護區內面積最廣的景觀，約占40%。其中，原生闊葉林已消失殆盡，目前僅在嶺腳通往海邊之小徑與港口河段尚留有黃槿純林；雜木林主要以木麻黃、黃槿、苦楝、林投和小葉桑為優勢植物；防風林則以人工栽種的木麻黃為主。
草生地
主要分佈在海岸與林地之間以及濕地與林地之間，面積約占25%。受到季風與颱風的影響，草生地與海岸沙地有交互演替的現象，近幾年因海岸侵蝕的關係，草生地有逐漸演化為沙地的情形，在大坑罟海邊尤其明顯。
濕生地
主要是指在河道兩旁，表土受潮汐影響的草澤與淺水濕地，面積約占15%。濕生地和水域是構成濕地最主要的部份，蘆葦與黃槿為主要的植物，其中蘆葦的單一植物相已逐漸形成，這種現象，意味著湖泊的自然演化已至末期。
河川與湖泊
主要是原新城溪出海口殘留的水域和大坑罟與海岸間的生態池，面積約占4%。因為水質受到污染，保護區內強勢植物迅速入侵，水域面積逐漸減少。不過，區內豐富的湧泉，有形成新水域的趨勢。
海洋與季風
為北方澳山崖造成的突堤效應，使黑潮經過附近海域時，產生強勁的海流。隨季風與洋流產生的漂沙現象，造成海岸地形多變，在新城溪出海口附近，可清楚地觀察到河口隨季節改變的景觀。 颱風會造成海岸地形的嚴重改變，引發的海水倒灌，對無尾港濕地有巨大的影響。1997 年溫妮颱風過境，無尾港沒口河的景觀已因沙地入侵而改變。
