保護區內的植物種類相當豐富，依其分佈狀況，可概分為六大類，
亦即次生林、防風林、草生地、草澤、農耕地及濱海灘前沙丘，分別說明如下：
次生林
多分佈於聚落的海側，具有防風固土的功能，以黃槿、苦楝、血桐及小葉桑為主。
防風林
屬於人工栽植，主要分佈在沙丘的迎風側，樹種原本單一為木麻黃，但是經過多年演替結果，木麻黃更新不良，可看到防風林中有血桐、小葉桑、林投興起，頗有次第取代之勢。
草生地
多分佈於林間，林緣開闊強光處；林投、馬纓丹等灌木叢雜以月桃、象草等高草，此外亦伴隨加拿大蓬、巴拉草、鋪地黍、濱豇豆、火炭母草、霍香薊、鬼針草、鼠尾粟等地被植物。
草澤
多分佈於水域邊緣泥澤地，以蘆葦、巴拉草為主，另外則有苦林盤、水竹葉、長梗滿天星，至於漂浮水面的植物則以布袋蓮、大萍最常見。
農耕地
係指水道淤積地及沙丘被佔墾之處，主要作物有蕃薯、花生、蘿蔔等為主。
濱海灘前沙丘
在這裡可見到濱刺麥、毛馬齒莧、馬鞍藤、月見草等典型海濱植物；另於靠內陸，沙土基質較穩定處，則可見到狗娃花、白茅、蔓荊等植物的大量分佈。
亦即次生林、防風林、草生地、草澤、農耕地及濱海灘前沙丘，分別說明如下：
次生林
多分佈於聚落的海側，具有防風固土的功能，以黃槿、苦楝、血桐及小葉桑為主。
防風林
屬於人工栽植，主要分佈在沙丘的迎風側，樹種原本單一為木麻黃，但是經過多年演替結果，木麻黃更新不良，可看到防風林中有血桐、小葉桑、林投興起，頗有次第取代之勢。
草生地
多分佈於林間，林緣開闊強光處；林投、馬纓丹等灌木叢雜以月桃、象草等高草，此外亦伴隨加拿大蓬、巴拉草、鋪地黍、濱豇豆、火炭母草、霍香薊、鬼針草、鼠尾粟等地被植物。
草澤
多分佈於水域邊緣泥澤地，以蘆葦、巴拉草為主，另外則有苦林盤、水竹葉、長梗滿天星，至於漂浮水面的植物則以布袋蓮、大萍最常見。
農耕地
係指水道淤積地及沙丘被佔墾之處，主要作物有蕃薯、花生、蘿蔔等為主。
濱海灘前沙丘
在這裡可見到濱刺麥、毛馬齒莧、馬鞍藤、月見草等典型海濱植物；另於靠內陸，沙土基質較穩定處，則可見到狗娃花、白茅、蔓荊等植物的大量分佈。
