根據無尾港文教促進會多年來的調查記錄，保護區約出現過 35科 170種鳥種以上，主要以水鳥為主，但因其鄰近山區又有大片樹林，所以也可以看到一些低海拔山鳥，相當難得。
無尾港是台灣北部重要的雁鴨度冬地之一，每年冬季有上千的水鴨在這裏過冬，其中以小水鴨數量最多，其次是花嘴鴨和琵嘴鴨，附近的水田和魚塭則有各種鷸行鳥科水鳥，樹林和旱田裏是一般平地的鳥類，新城溪口則常見到稀有的過境鳥及迷鳥出現，各季節的鳥況不同，變化甚大。
秋季（９月、１０月、１１月）
９月份起，除本地留鳥之外，小型的候鳥先鋒部隊黃鶺鴒和紅尾伯勞已經悄悄的到達，鷸行鳥科水鳥也來了一些，只是數量並不多，中旬以後，數量和種類逐漸增加，到了下旬，整個無尾港熱鬧了起來，第一批小水鴨和白眉鴨到達，天空中也可見一群一群的家燕，其中絕大部份的白眉鴨會繼續再往南方飛去。
10月份，四處可見紅尾伯勞停棲於樹枝頂上，灰鶺鴒則常出現在步道上，水田裏黃鶺鴒數量大增，無尾港水域內鴨子的數量也持續增加。10月下旬，已經可以看到數百隻的小水鴨了，花嘴鴨、尖尾鴨、琵嘴鴨都到了，大型的鷺鷥像大白鷺、蒼鷺…等，還有鸕鶿也在樹林上出現。
11月是秋季候鳥過境的最高潮，雁鴨有十餘種，數量有數千隻之多，如赤頸鴨、赤膀鴨、澤鳧、磯鷃等潛鴨類也紛紛光臨；鷸行鳥科水鳥也有十餘種，準備過冬的鷺鷥站滿了防風林，走在林中的賞鳥步道上，靜靜的聽鳥音仔細找找，可以發現各種難得一見的鶯鳥，像短翅樹鶯、極北柳鶯、黃眉柳鶯、短尾鶯…等，是台灣最佳的賞鶯據點之一。
冬季（１２月、１月、２月）
過境鳥走了之後，１２月份鴨子的數量維持穩定，這時期，公鴨仍為非繁殖羽，看起來很像母鴨，乍看之下，您會以為母鴨比公鴨 多，讓人產生錯覺，以為全是母鴨。 整個冬季，宜蘭縣境內的雁鴨會四處棲息、覓食，有時成群的水鴨在澳仔角附近的海面上棲息，隨波浪起伏，是相當難得一見的景觀。 在這個時期，各種鷸行鳥及鶯鳥仍不斷過境，鶇科及巫鳥科的鳥種來得較晚，此時才剛剛到達，赤腹鶇、白腹鶇、班點鶇、黑臉巫鳥是常見的鳥種。12月也是稀有鳥及迷鳥出現機率最高的月份，有興趣的鳥友該多加把握。
１月份水鳥的種類和數量已穩定，沒有太大的變化，倒是在寒流來襲時，有可能看到一些中低海拔降遷下來避寒的山鳥，像青背山雀、綠鳩…等。下旬起部分小水鴨、琵嘴鴨、尖尾鴨的公鴨已經嗅到春天的氣息，開始換繁殖羽了。
２月份所有雁鴨的羽色已煥然一新，是觀賞水鴨最佳的月份，您會發現牠們正忙著進食，儲備北返所需的體能，短短一個月，牠們的體重可以增加三成以上。
春季（３月、４月、５月）
３月是雁鴨北返中國東北或西伯利亞繁殖的日子，回到繁殖地後，牠們必需在下雪之前，完成配對、孵蛋、育雛到雛鳥能獨立飛行的任務，再一起南下度冬，太弱的個體就會被自然淘汱。
到３月下旬各種雁鴨已剩不到一半了，３月下旬另一種過境無尾港的鳥類是灰面鵟鷹，只是牠們多從高空通過，較難發現。
４月份是其他候鳥北返過境的高潮，以鷸行鳥科為主，北返的鷸行鳥都已換上亮麗的繁殖羽，比秋季南下時更美，也更容易辨認，但因無尾港附近水田都已耕作，建議可到附近的淺水魚塭或到新城溪口觀賞。家燕也在這個月大量過境，一群群向北飛去持續不停，數量難以計算。
４月也是許多夏候鳥到達的月份，月初就可以聽到中杜鵑類似吹竹筒之鳴聲〔不不－不不〕，牠們常停在林梢或電線上，不難發現，番鵑、栗小鷺、黃小鷺也常出現。這個月也是留鳥的繁殖季節，留鳥中的白腹秧雞及彩鷸，開始晝夜不停地鳴叫，徵求愛侶。
褐頭鷦鶯成雙成對出沒於草叢間，五色鳥在樹幹上啄了一個洞，將愛的小窩築於樹洞之中，小鷿鵜替背著小小鷿鵜在無尾港內覓食，棕背伯勞站在枝頭模仿其他鳥的叫聲，吱吱喳喳不停的唱著。
５月份梅雨季來臨，雁鴨只剩下極少數，鷸行鳥也少了，走得最晚的大白鷺、蒼鷺及鸕鶿現在還有一些，在天候不佳的情形下，步道兩旁的樹林裏偶有難得一見的鶲、鶯、鴝或巫鳥會被發現，值得嚐試一下。
夏季（６月、７月、８月）
６月以後，天氣已相當炎熱，冬候鳥早已北返，但仍有機會見到少數滯留的大白鷺和蒼鷺，此時新城溪口及附近海面，鷗科鳥類成群飛舞，相當活躍。烏秋、白腹秧雞、紅冠水雞等留鳥，都會帶著牠們的小寶貝外出覓食，近年來還發現有部份花嘴鴨留在無尾港繁殖，運氣好時，也許可以看到花嘴鴨帶小鴨出遊的感人畫面，誰說夏季是賞鳥淡季。
